O Núcleo museológico do Presépio, alojado no convento de Santo António, é constituído por uma exposição de longa duração e uma oficina da arte bonecreira onde, mediante reserva, é disponibilizada formação na arte bonecreira e desenvolvidas atividades de serviço educativo.

A exposição explica e contextualiza historicamente a Natividade, e o surgimento e difusão da arte bonecreira no concelho, associada ao movimento regionalista do século XIX. Nela são, ainda, no identificados os artistas e as suas particularidades estilísticas, bem como as tipologias dos presépios. O Museu de Lagoa-Açores mantém disponível online a Rota Bonecreira, um recurso que identifica e mapeia os bonecreiros que no concelho dão continuidade a esta arte idiossincrática da Lagoa.